Mohamed Elneny bắt đầu nghiệp đá bóng lúc lên 6. Năm 1997, Elneny gia nhập lò đào tạo tại Al Ahly Sporting. Từ El Mahalla, Elneny đi tàu điện ngầm tới thủ đô Cairo, chờ thêm 30 phút bắt chuyến xe buýt tới Al Ahly. Lộ trình hàng ngày tới được học viện bóng đá hàng đầu Ai Cập buộc Elneny phải thức dậy lúc 4h sáng, ăn bữa sáng do mẹ chuẩn bị và chỉ trở về lúc 11h đêm.

Phương án học nội trụ được mẹ cậu tính tới do thương con đi lại vất vả. Nhưng bố Elneny, HLV trưởng CLB Baladeyet Al-Mahalla lúc bấy giờ, người nổi tiếng với giáo án hà khắc không đồng ý. Ông muốn tận mắt thấy cậu út trưởng thành sau mỗi ngày rèn giũa ở môi trường chuyên nghiệp. Chia sẻ và cảm xúc của Elneny được ông ghi chép cẩn thận ngày qua ngày.

Elneny nhận sự kỳ vọng lớn lao nơi người cha yêu bóng đá đến điên dại của mình. Năm lên 3, Elneny tập tọe làm quen với trái bóng. Nhiệm vụ của cậu là sút bóng ra bất kỳ đâu và đuổi theo nó. Trong ký ức của tiền vệ sinh năm 1992, cậu sinh ra là để chạy. “Bố tôi hy vọng tôi sẽ trở thành cầu thủ chuyên nghiệp. Tôi phải chạy, vì chạy miệt mài bạn mới dẻo dai, có dẻo dai mới biến ước mơ thành sự thật”.